Dibangun pada tahun 1765 oleh Pemerintah Belanda, digunakan untuk menahan serangan dari Kraton Yogyakarta.Benteng dikelilingi dengan parit sebagai perlindungan, berbentuk segi empat dan memiliki menara pengawas di keempat sudutnya dengan kubu yang memungkinkan tentara Belanda untuk berjalan berkeliling sambil berjaga-jaga dan melepaskan tembakan jika diperlukan. Luas kurang lebih 2100 meter persegi  mempunyai beberapa koleksi antara lain:

Semula bernama "Benteng Rustenburg" yang mempunyai arti "Benteng Peristirahatan" , . Berkat izin Sri Sultan Hamengku Buwono I, sekitar tahun 1765 - 1788 bangunan disempurnakan dan selanjutnya diganti namanya menjadi "Benteng Vredeburg" yang mempunyai arti "Benteng Perdamaian".Secara historis bangunan ini sejak berdiri sampai sekarang telah mengalami berbagai perubahan fungsi yaitu pada tahun 1760 - 1830 berfungsi sebagai benteng pertahanan, pada tahun 1830 -1945 berfungsi sebagai markas militer Belanda dan Jepang, dan pada tahun 1945 - 1977 berfungsi sebagai markas militer RI.

Setelah tahun 1977 pihak Hankam mengembalikan kepada pemerintah. Oleh pemerintah melalui Mendikbud yang saat itu dijabat Bapak Daoed Yoesoep atas persetujuan Sri Sultan Hamengku Buwono IX selaku pemilik, ditetapkan sebagai pusat informasi dan pengembangan budaya nusantara pada tanggal 9 Agustus 1980.

Pada tanggal 16 April 1985 dipugar menjadi Museum Perjuangan dan dibuka untuk umum pada tahun 1987. Kemudian pada tanggal 23 November 1992 resmi menjadi "Museum Khusus Perjuangan Nasional" dengan nama "Museum Benteng Yogyakarta".

Bangunan bekas Benteng Vredeburg dipugar dan dilestarikan. Dalam pemugaran pada bentuk luar masih tetap dipertahankan, sedang pada bentuk bagian dalamnya dipugar dan disesuaikan dengan fungsinya yang baru sebagai ruang museum.